La enfermedad celiaca, es multisistémica y con base autoinmune, y se caracteriza por la presencia de una combinación variable de: manifestaciones clínicas dependientes del gluten, anticuerpos específicos de la enfermedad celiaca, haplotipos HLA DQ2 o DQ8 y enteropatía.
Es multisistémica porque pueden verse afectados otros sistema del cuerpo humano, y no únicamente el aparato digestivo, es decir, pude provocar síntomas extraintestinales.
Es una enfermedad con base autoinmune porque se produce una intervención del sistema inmunitario, obligando a las defensas de la persona celíaca a reaccionar ante la ingesta de gluten. La reacción autoinmune, es la responsable del daño en la mucosa intestinal, ya que provoca destrucción de las vellosidades intestinales encargadas de absorber los nutrientes.
En la enfermedad celiaca, aparecen marcadores genéticos (haplotipos HLA, DQ2 y DQ8) que indican una mayor predisposición genética a padecer la enfermedad. Sin embargo, presentar genética compatible no implica llegar a desarrollar la enfermedad.
Es una enfermedad enteropática, porque se produce en el tracto digestivo.