En el caso de las intolerancias se originan en el sistema digestivo, más que en el inmunitario. En concreto, se debe a la ausencia de enzimas, moléculas proteicas que se encargan, entre otras cosas, de descomponer los alimentos. En cuanto a los síntomas, la intolerancia también se manifiesta de formas que nos recuerdan a los de la inflamación y los menos letales de la alergia alimentaria.
Abstenerse de ciertos alimentos, consumirlos en muy pequeñas porciones (solo en casos específicos) es el principal tratamiento para enfrentar cualquier intolerancia alimentaria.